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News

2025-03-19 - 「実験医学」にプロトコルが掲載されました

DeepSpaceDBの使用方法に関するプロトコルを、「実験医学」に掲載しました。 [pdf]

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Research Interests

次のテーマに焦点を当てています:

1. 単細胞および空間転写データから生物学的なパターンの抽出。一つの例はこちら。
2. 空間トランスクリプトームデータベース「DeepSpaceDB」の構築
3. 単細胞および空間転写データにおける興味深い遺伝子を見つける方法開発（GitHubやCRAN上のsingleCellHaystack、またはこの論文かこの論文を参照）。
4. 大規模遺伝子発現データの分析、技術的バイアスの除去、遺伝子調節ネットワークの予測と解析。
5. 刺激によって引き起こされるエピゲノムマーカーの変化、及び転写に与える影響の解析。

上記のテーマに加えて、特に免疫学の分野を含む数多くの共同研究に携わっています。

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Teaching

2017年以降、私は京都大学で統計、データ解析、バイオインフォマティクス、およびRプログラミングを教えています。

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Career Summary

2022-現在: 准教授、 医生物学研究所（LiMe）、京都大学
2017-2022: 講師、 ウイルス・再生医科学研究所（INFRONT；現　医生物学研究所）、京都大学
2014-2017: Immuno-Genomics Research Unitのユニット・リーダー、免疫学フロンティア研究センター、大阪大学
2012-2017: 特任助教、免疫学フロンティア研究センター、大阪大学
2009-2012: 特任研究員、免疫学フロンティア研究センター、大阪大学
2009年：博士（生命科学）、東京大学
2004年：修士（分子生物学）、ゲント大学（ベルギー）
2003年：学士（生化学）、KHBO（ベルギー）